Nell’antico Collegio Romano esistevano diverse biblioteche, secondo i diversi corsi di insegnamento: v’era una biblioteca per la teologia, una per la filosofia, una terza per la retorica ed infine una quarta per gli studi inferiori. Oltre queste quattro biblioteche ve n’era però anche una quinta costituita di fondi provenienti da importanti lasciti testamentari: la Bibliotheca maior, od anche secreta (dal latino separata, per distinguerla dalle raccolte private dei singoli Padri o professori) che aveva invece notevoli limitazioni relative all’accesso ai documenti ivi conservati.
Mentre si hanno notizie dettagliate della Bibliotecha maior e se ne conserva il catalogo settecentesco (12 volumi in folio, collocato presso la BNCR) non si è a conoscenza dell’esistenza di un catalogo relativo alle biblioteche minori sebbene l’urgente necessità di compilarlo fece includere nell’accordo del 1694 tra il Procuratore del Collegio e il Prefetto della biblioteca la seguente nota: “Finito l’indice della libreria secreta, che hora si fa, si faccia l’istesso della libreria commune, e poi di tutti li libri, che si sono sparsi per le camere, aggiongendo à quelli che non l’hanno, l’inscritione, et applicatione, cioè Collegio Romani Societatis Jesu inscriptus cathalogo.”Se in seguito alla soppressione della Compagnia di Gesù del 1773 la Biblioteca, pare essere rimasta inalterata fino al ritorno nel 1824, alcuni manoscritti insieme a codici, libri rari ed oggetti preziosi furono murati in un ripostiglio di cui, durante il secolo successivo si conservò solo un vago ricordo. Infatti la sua collocazione, probabilmente, era nota soltanto al P. Prefetto e al Fr. Custode. “Questo ripostiglio era una specie di deposito di materiale di un certo pregio, ma non ordinato, non classificato, non catalogato perché potesse essere agevolmente consultato e studiato […] e date queste sue condizioni esso pare non fosse accessibile, in via ordinaria ai professori del Collegio per il loro lavoro” .[C. BIZZOCCHI, Il “ripostiglio” della Biblioteca del Collegio Romano in “Gesuiti della Provincia Romana”, 2 (1971), p. 20] Con l’emanazione della legge di soppressione delle Corporazioni religiose del 19 giugno 1873 iniziò l’incameramento dei beni delle biblioteche dei diversi ordini religiosi. E’ da segnalare come in quella data il patrimonio del Collegio Romano risultasse intorno ai trentamila volumi , quindi molti meno rispetto a valutazioni di poco più antiche.  

In seguito alla denuncia nel 1877 di Bartolomeo Podestà effettuata in seguito alla legge di soppressione delle Corporazioni religiose di Roma apprendiamo del ritrovamento, di questo ripostiglio, possiamo individuare parti di fondi che oggi fanno parte, nuovamente, dell’Archivio della PUG:

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L’antica biblioteca insieme a questi importanti ritrovamenti andò a costituire il nucleo principale della BIBLIOTECA NAZIONALE CENTRALE DI ROMA. Tra questi documenti rinvenuti, quelli considerati di scarso interesse, furono collocati in una soffitta dello stesso Collegio Romano. Nel 1948 la biblioteca, trovandosi nella necessità di liberare questa soffitta, decise di restituire questo fondo al p. Generale della Compagnia di Gesù. Successivamente, pur rimanendo di proprietà della Curia (tutt’ora la segnatura del Fondo – F.C. Fondo Curia, ne attesta la provenienza), venne riversato in Gregoriana.

Più di 5000 codici attestano le lezioni di retorica, grammatica, filosofia e teologia, impartite nel corso di due secoli, oltre allo studio dei classici greci e latini, di astronomia, di matematica e di fisica, e delle lingue latina, ebraica, greca e araba. Molti di questi manoscritti sono stati pazientemente ricopiati dagli auditores, altri sono autografi di celebri maestri come Famiano Strada, Cristoforo Clavio, Francisco Suarez, Roberto Bellarmino, Muzio Vitelleschi, Roger Joseph Boscovich, Juan Bautista de Villalpando, Francisco de Toledo. In certi casi gli appunti per le lezioni hanno dato origine a opere celebri come le Controversie del Bellarmino di cui l’Archivio possiede un esemplare con chiose d’autore. Insieme a questo materiale altri importanti documenti testimoniano la febbrile attività di ricerca e studio che aveva luogo nel Collegio Romano: l’imponente carteggio di Athanasius Kircher, la corrispondenza di Cristoforo Clavio e i codici che servirono allo Sforza Pallavicino per scrivere la Istoria del Concilio di Trento. Altra documentazione miscellanea evidenzia i rapporti che tanti gesuiti sparsi per il mondo mantennero con i maestri del Collegio Romano. Scorrendo queste carte si possono seguire le vicende delle Riforme, i dibattiti sulla grazia o sulla morale, la polemica giansenista o quella sui riti cinesi. Questa eredità si vede ulteriormente arricchita dalla documentazione dell’attività d’insegnamento durante il XIX secolo, fino al 1873, e in seguito dell’attuale Pontificia Università Gregoriana del Collegio Romano. In essa si possono seguire le tracce lasciate da quei professori che collaborarono attivamente al Concilio Vaticano I, alla redazione del Codice di Diritto canonico del 1917 e al Concilio Vaticano II. L’archivio possiede anche un’importante collezione di pergamene e stampe, tra cui quelle del celebre architetto e matematico Orazio Grassi (1583-1654).